適用范圍有限：只能處理含有磁性或可磁化物質(zhì)的廢水，對(duì)于大量非磁性污染物的去除效果不佳。

預(yù)處理要求高：對(duì)于本身不具有磁性的污染物，需要添加磁種進(jìn)行預(yù)處理，這增加了工藝流程的復(fù)雜性和成本。

磁種回收問(wèn)題：雖然磁種可以回收再利用，但在回收過(guò)程中可能會(huì)有一定的損失，長(zhǎng)期運(yùn)行可能導(dǎo)致磁種補(bǔ)充成本增加。

磁場(chǎng)干擾因素：外界環(huán)境中的溫度、濕度、電磁場(chǎng)等因素可能會(huì)對(duì)磁場(chǎng)的穩(wěn)定性和強(qiáng)度產(chǎn)生影響，從而影響處理效果。

對(duì)有機(jī)物處理能力有限：對(duì)于一些復(fù)雜的有機(jī)污染物，磁分離技術(shù)往往難以直接將其有效去除。

設(shè)備成本較高：高性能的磁分離設(shè)備制造和維護(hù)成本相對(duì)較高，可能限制了一些中小企業(yè)的應(yīng)用。

處理效果受水質(zhì)波動(dòng)影響：工業(yè)廢水的水質(zhì)成分和濃度可能會(huì)有較大波動(dòng)，這可能會(huì)影響磁分離的效果和穩(wěn)定性。